Institut Pasteur de Tunis - Actualités


Retour sur le cours "Bioinformatics and genome analysis"

cloture bioinfoUn cours de « Bioinformatique et d'Analyse des Génomes » a été organisé à l'Institut Pasteur de Tunis du 18 Septembre aux 15 Décembre 2017 (https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017.html).

Ce cours a été organisé grâce au concours de l'Université Tunis El Manar et l'Institut Pasteur de Tunis et aux contributions financières de l'Institut Français de Tunisie et de l'AUF (Agence Universitaire de la Francophonie). Il a regroupé une vingtaine de participants qui sont de jeunes chercheurs ou étudiants en cours de thèse ainsi qu'une dizaine d'Enseignants et de conférenciers provenant d'Institutions Françaises (dont une majorité de l'Institut Pasteur de Paris), Américaine, Canadienne, Suédoise et Tunisiennes dont l'Institut Pasteur de Tunis.

L'organisation du cours à été faite de façon à réserver environ un quart du temps à des présentations théoriques et trois quarts du temps à des sessions pratiques. Les travaux pratiques se sont déroulés dans un environnement Unix. Le total des heures des cours théoriques et de travaux pratiques s'est élevé à 450 heures avec un minimum de 120 heures de travail personnel de préparation en dehors des heures de cours. Le cours a consisté en une mise à niveau en Shell Unix, en langages perl et R, qui a duré deux semaines, suivi d'une mise à niveau en méthodes et outils d'analyses de séquences (comparaisons simple et multiple, analyses phylogénétiques et analyses évolutionnaires) qui a duré deux semaines. Les comparaisons génomiques à grande échelle concernant des génomes complets, des données de type NGS et des données métagénomiques ont duré 6 semaines. Les exposés théoriques approfondis pour chacun de ces thèmes ont été suivis par des travaux pratiques consistant à écrire des scripts en shell/perl/R.

Par ailleurs une réunion de laboratoire hebdomadaire a été réservée au suivi de l'actualité scientifique concernant les thèmes du cours selon les publications parues dans la semaine ainsi qu'au suivi des projets de synthèses bibliographiques que chaque participant a choisi d'entreprendre sur un sujet de son choix.   Le cours s'est terminé par une série de conférences sur le thème : « Bioinformatique et Analyse des génomes : qu'avons-nous appris et perspectives » ainsi que par la présentation de chaque participant de son travail bibliographique.   Le cours a été intense et d'un haut niveau. Les collègues enseignants ont grandement apprécié les fortes motivations des participants ainsi que leurs implications et les interactions multiples au sein du groupe de travail.   Le programme ainsi que l'ensemble du matériel du cours sont disponibles à partir du lien : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017/BCGAIPT2017_Prog.html

 
Appel à candidature pour un stage de mastère 2 en co-encadrement entre une association et un laboratoire de Recherche

inspires-ipt appel

Contexte global

Dans le cadre de sa boutique des sciences, l’Institut Pasteur de Tunis lance un appel à candidature pour les étudiants en mastère (2ème année) pour réaliser un projet de recherche en co-création, qui répond aux besoins de la société civile. Le projet sera réalisé en collaboration entre le laboratoire de Virologie Clinique de l’IPT et l’Association Tunisienne d’Orientation et d’Information sur le Sida et la Toxicomanie et aura pour thématique : "Caractérisation génétique des souches circulantes du virus de l'hépatite C chez les usagers de drogues par injection en Tunisie"

Besoin exprimé par l’association

Les usagers de drogues par injection (estimés à 10.000 en Tunisie) représentent une population vulnérable caractérisée par une forte prévalence d'infection par le virus de l'hépatite C et un accès au traitement extrêmement faible. Toutefois, cette population est considérée comme un vecteur critique de souches virales vers la population tunisienne. Documenter cette diversité génétique permettrait de mieux comprendre l'épidémiologie de l’hépatite C chez cette population afin de penser des interventions préventives de santé publique hautement stratégiques (stratégie d’élimination du VHC 2016-2023). Il est clairement établi que la diversité génétique du virus de l'hépatite C a un impact majeur sur la persistance virale, l'évolution vers la fibrose et le carcinome hépatocellulaire ainsi que la résistance potentielle aux antirétroviraux. La connaissance de la distribution des génotypes de l'hépatite C est un facteur essentiel permettant d'améliorer la conception de plans nationaux efficaces de lutte contre l'hépatite C chez les usagers de drogues par injection.

Références scientifiques en lien avec le besoin exprimé par l’association

1- Dépistage de l’hépatite C chez les usagers de drogues par injection : données du CCDAG de l’ATIOST (Abstract et communication orale, documents pdf 2017)2- Enquête sérocomportementale du VIH auprès des usagers de drogues injectables en Tunisie 2014 (DSSB-MSP, ATIOST, document pdf, 2014)
3- Injecting drug use: A vector for the introduction of new hepatitis C virus genotypes, (Ruta et al., 2015)  > https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4600582/
4- Global, regional, and country-level coverage of interventions to prevent and manage HIV and hepatitis C among people who inject drugs: a systematic review (Larney et al., 2017) > http://www.thelancet.com/journals/langlo/article/PIIS2214-109X(17)30373-X/fulltext

Localisation
Les travaux seront menés dans le cadre d’une collaboration entre l’équipe de recherche du laboratoire de Virologie Clinique de l’Institut Pasteur de Tunis et l’ATIOST (Association Tunisienne d'Information et d'Orientation sur le SIDA et la Toxicomanie). Il (elle) sera principalement basé(e) à l’Institut Pasteur de Tunis et sera amené(e) à se rendre régulièrement aux locaux de l’ATIOST.

Profil recherché

Le (la) candidat(e) devra être inscrite(e) en 2ème année de Mastère Recherche en sciences biologiques. Il ou elle devra montrer un intérêt marqué pour l’ouverture de la science à la société et la collaboration entre le monde de la recherche et la société civile.

Merci de faire parvenir avant le 24 décembre 2017 votre candidature (CV + lettre de motivation) au mail du projet InSPIRES et de la Boutique des Sciences de l’IPT inspires.ipt@gmail.com

 
La Société Allemande Merck fait le don d’un cytomètre en flux à l’Institut Pasteur de Tunis


Merck PasteurJeudi 23 novembre, La Société Allemande Merck a offert à l'Institut Pasteur de Tunis, un cytomètre en flux pour permettre à ses chercheurs d'avoir accès à un outil de haute performance pour leurs applications de biologie cellulaire. 
Ce don entre dans le cadre de l'engagement de Merck en Afrique et de son implication au sein de  la recherche scientifique.

Cet appareil nommé MUSE® sera installé dans la plateforme technique de l'Institut Pasteur de Tunis La technique de la cytométrie en flux permet d'analyser la morphologie et la physiologie cellulaire.

merck iptCet équipement smart, tactile, simple d'utilisation, et permettra d'assurer des résultats de haute précision. Il pourra être utilisé pour des applications dans les domaines de l'oncologie, l'immunologie, et le cycle cellulaire.

Au cours de la cérémonie, Pr Hechmi Louzir, Directeur Général de l'IPT, a tenu à remercier  Merck, représenté par Dr Faouzi Manai Directeur Life Science Nord Afrique, pour son engagement dans le développement de la Recherche scientifique en Tunisie. Tous deux ont souligné leur volonté de commencer ensemble une collaboration scientifique solide entre leurs institutions.

 

 
Congrés franco-Marocain de Parasitologie et Mycologie, 1er-3 février 2018

Annonce Rabat 18La Société Marocaine de Mycologie Médicale organise du 1er au 3 février 2018 à Rabat, le Congrès Franco-Marocain de Parasitologie-Mycologie. Cette manifestation est organisée en collaboration avec l'Institut Pasteur de Tunis les Sociétés Françaises de Parasitologie et de Mycologie et l'Académie  de Pharmacie.

Plus d'informations : www.smp2m.com

 

 
Call for Application to attend the Lectures on Bioinformatics and Genomes studies: What did we learn and perspectives

Call for application to attend the course Lectures (December 4 - 8, 2017):

The course (Bioinformatics and Genome Analyses course) will end with a one week lectures (see program).
We would like to allow participation to 30 invited PhD students and young researchers from Academic Research Institutions with a background in Mathematics, Statistics, Computing and/or Biology who are involved in Bioinformatics and Genome Analyses projects.Full time participation is mandatory.

Interested candidates should read carefully the application form and apply accordingly before November 25, 2017.

How to apply: Download and carefully complete the application form (doc file) or application form (pdf file).

More information : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017.html

 

 

 
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